武林三游戏中挑战副本就是测试玩家战力高不高的一个标准评估,挑战的难度越高说明战力就越高。目前共分为5种类型副本首先千机楼每层可挑战一次,已过关不可再次挑战,每日可进行一次一键扫荡,一键扫荡可获得当前已通关层数的扫荡奖励。攻守同盟副本每日可进入1次,当场中烟寒被击杀,则结束当前挑战,当玩家历史波次大于等于7时,玩家挑战将从历史最高波次-5开始挑战,首次成功守卫特定的波数可以获得额外的奖励。
棋局每天只可以进入一次,进入副本后开始刷新怪物,玩家消灭棋子可减少BOSS防御,击杀BOSS后刷下一波怪物,副本结束前击杀波数越多奖励越多,倒计时结束时则结算副本。武神塔共100层,挑战不消耗次数,通过特殊的关卡可解锁武神牌属性。
千机楼副本获得的材料主要就是进阶首饰的,获得首饰石来升级,如果一键扫荡的话获得的奖励都是龙纹碎片,层数越高龙纹碎片就越多。每通关10人加一层BUFF,最多加10层BUff。